Στο Εκκλησιαστικό Μουσείο της Νισύρου είναι συγκεντρωμένα πλήθος εκκλησιαστικών κειμηλίων της Νισύρου τα οποία προέρχονται κυρίως από τη Μονή της Παναγιάς της Σπηλιανής και την Ενορία της Παναγιάς της Ποταμίτισσας.
Το μουσείο απαρτίζεται από δύο κύριους χώρους με εκθέματα εξαιρετικού ενδιαφέροντος. Διαθέτει άφθονο υλικό που περιλαμβάνει από παλιά καντήλια, δισκοπότηρα, θυμιάματα και εκκλησιαστικά σκεύη, μέχρι παλιά Ευαγγέλια των αρχών του 19ου αιώνα, λειψανοθήκες, σταυρούς, άμφια και παλιές σφραγίδες. Διαθέτει επίσης μεγάλη συλλογή από νομίσματα και χαρτονομίσματα από τον οβολό των πιστών, ελληνικά και ξένα, όπως και διάφορα αφιερώματα και τάματα που κάνανε κυρίως στην Παναγιά τη Σπηλιανή.
Άλλα αντικείμενα που έχουν συλλεχθεί και εκτίθενται στο εκκλησιαστικό μουσείο Νισύρου, σχετίζονται με τα εκκλησιαστικά μυστήρια, όπως παλιές κολυμπήθρες, νυφικά και στολίδια νύφης Νισυριάς ή νυφικά κανάτια που χρησιμοποιούσαν οι νύφες για να πλένονται πριν το μυστήριο. Επίσης φιλοξενεί διάφορα αντικείμενα που σχετίζονται με το πανηγύρι της Παναγιάς της Σπηλιανής, όπως παλιά καζάνια που μαγείρευαν τη ρεβιθάδα και πήλινα πιάτα που την τρώγανε. Επιπλέον στεγάζει μια συλλογή από εικόνες του 19ου και των αρχών του 20ου αιώνα και ένα αντίγραφο του μαρμάρινου τέμπλου που είχε παλαιότερα η Παναγιά η Σπηλιανή.
